Por la operación de traspaso, el Málaga percibirá una cantidad cercana a los 30 millones de euros, de los cuales 27 serán abonados por el Madrid en metálico y el resto por objetivos y, finalmente, una parte concerniente a la deuda que el club mantiene con el futbolista -en torno a 1 millón de euros-. La cláusula de rescisión de Isco, debemos recordar, ascendía a 35 millones, cantidad fijada el pasado mes de enero tras la revisión del contrato y que contaba con una cláusula de rescisión de 20 millones.
Surgido de la cantera del Atlético Benamiel e incorporado al Valencia con 15 años, Isco debutó el 11 de noviembre de 2010 con el primer equipo del Valencia en un partido de Copa ante el Logroñés, en el que marcó dos goles. Tres días después, se estrenó en Primera División frente al Getafe y, al término de la campaña 2010/11, firmó por el Málaga por unos 7 millones de euros. En la primera temporada como malaguista disputó 35 partidos y marcó cinco goles y en la segunda se consolidó al jugar 45 encuentros entre todas las competiciones oficiales, llegando a los 12 tantos (nueve en Liga y tres en Liga de Campeones).
Isco se marcha al Real Madrid dando plantón a su anterior técnico en el Málaga, Manuel Pellegrini que lo pretendía para el nuevo proyecto que emprende en el Manchester City.