Calleja, que seguirá acompañado por el actual cuerpo técnico con Quique Álvarez como segundo, promocionó al primer equipo del Villarreal CF a finales de septiembre del 2017. El técnico se formó como entrenador en el fútbol base amarillo, llegando al club hace seis temporadas para entrenar en categoría cadete. A partir de ahí, su progresión en los banquillos fue meteórica, ganando tres Ligas con el Juvenil A de División de Honor, además de una Copa de Campeones de España. Esta misma temporada, antes de recalar en el primer equipo, había promocionado al Villarreal B, con el que se mantenía invicto.