La rehabilitación ha tenido lugar en las fachadas que dan a la plaza de San Francisco y a la calle de la Iglesia, con intervenciones en la galería de ladrillo de la parte superior, las paredes de mampostería de gran parte de la iglesia, la ventana de la capilla del Carmen, el escudo de la cruz de Calatrava en el ábside, y una ventana del crucero.
Aunque el proyecto de restauración de la iglesia se ha dado por concluido, el Ayuntamiento se ha comprometido a completar la actuación añadiendo una iluminación artística que realce la importancia de la Iglesia como Bien de Interés Cultural.
El presupuesto total de la restauración ha superado el millón de euros, financiando en partes iguales por la Unidad de Acción Pastoral, con la colaboración de la sociedad manzanareña, y por el Ayuntamiento.