La larga historia del emplazamiento ha obligado a hacer muchas rehabilitaciones, la última se realizó en 1993. En esta ocasión está al frente del proyecto Fernando Alegre, arquitecto de larga trayectoria, quien ha confirmado que "con la diversidad de reformas que ha tenido la fachada, lo más complicado es conseguir un resultado suficientemente homogéneo".
En la rehabilitación integral de la fachada participan tanto el Arzobispado como el Gobierno de Aragón, la primera fase está enfocada en loa limpieza y retirada, "el objeto de las obras es la fachada, se excluye la portada en esta primera fase y también se va a trabajar en las torres" explicaba Alegre, quien ha añadido que "la fase siguiente estará promovida por la DGA y se centrará en la portada renacentista".
Durante la Guerra de Independencia hubo una demolición de las estructuras del Claustro Viejo, lo que preocupaba por un problema de seguridad. El arquitecto, Fernando Alegre, ha hecho referencia ante las preocupaciones alegando que en la iglesia de Santa Engracia no hay ningún problema de inseguridad estructural, a pesar de algunas fisuras próximas al coro alto las cuales son bastante explicables y no provocan ningún motivo de alarma.